Порядком обліку платників податків і зборів, затвердженим наказом МФУ від 09.12.2011 р. № 1588 (далі – Порядок № 1588), встановлено також порядок переведення платників податків на обслуговування з одного контролюючого органу до іншого (взяття на облік/зняття з обліку) у разі проведення державної реєстрації зміни місцезнаходження (розділ Х Порядку).
Так, п. 10.14 Порядку № 1588 передбачено, що після зняття платника податків з основного місця обліку в контролюючому органі за попереднім місцезнаходженням платник податків продовжує перебувати на обліку в такому органі з ознакою обліку за неосновним місцем обліку, а контролюючий орган стосовно платника податків продовжує адмініструвати податки, збори у частині завершення процедур такого адміністрування до (в тому числі) повернення надміру сплачених платежів, помилково або надміру зарахованих до бюджету, контроль за справлянням яких здійснюють контролюючі органи, або їх відшкодування платнику податків, якщо останній відповідно до поданих заяв чи податкових декларацій (звітів, розрахунків) претендує та має право на таке повернення чи відшкодування, у разі якщо до кінця бюджетного періоду спливає строк повернення або відшкодування і відповідно висновки щодо відшкодування виконані в повному обсязі.
Згідно з п. 10.20 Порядку № 1588 якщо в контролюючому органі за попереднім місцезнаходженням (місцем проживання) продовжується адміністрування податків, зборів у випадках, визначених у п. 10.14 цього Порядку, то такий контролюючий орган може залишити у себе оригінали документів, необхідних для відповідних процедур адміністрування, а до контролюючого органу за новим місцезнаходженням (місцем проживання) передати їх засвідчені копії. Після завершення відповідних процедур адміністрування до контролюючого органу за новим місцезнаходженням (місцем проживання) передаються оригінали документів, що залишались у контролюючому органі за попереднім місцезнаходженням (місцем проживання), інформація та документи за результатами таких процедур.
Тобто до перевірки сум бюджетного відшкодування підприємство перебувало на обліку в контролюючому органі за попереднім місцезнаходженням.
Відповідно до п. 200.12 і 200.13 ПКУ контролюючий орган зобов'язаний у п'ятиденний строк після закінчення перевірки подати органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, висновок із зазначенням суми, що підлягає відшкодуванню з бюджету. На підставі отриманого висновку відповідного контролюючого органу орган, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, видає платнику податку зазначену в ньому суму бюджетного відшкодування шляхом перерахування коштів з бюджетного рахунку на поточний банківський рахунок платника податку в обслуговуючому банку протягом п'яти операційних днів після отримання висновку контролюючого органу.
З метою забезпечення практичного застосування положень п. 200.12 та 200.13 ПКУ і п. 7 Порядку взаємодії органів державної податкової служби та органів державної казначейської служби в процесі відшкодування податку на додану вартість, затвердженого постановою КМУ від 17.01.2011 р. № 39, Мінфін своїм наказом від 07.11.2011 р. № 1396 затвердив форми документів, що використовуються у процесі відшкодування сум податку на додану вартість.
Слід зауважити, що саме той контролюючий орган, який здійснив перевірку, повинен надати відповідний висновок органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів. Крім того, ані норми ПКУ, ані інших законодавчих актів не передбачають можливості відкликання раніше наданого висновку.
Таким чином, контролюючий орган за попереднім місцезнаходженням не мав підстав для відкликання раніше наданого висновку і підприємство мало отримати бюджетне відшкодування від органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, за попереднім місцезнаходженням.