Згідно з пп. 14.1.260 ПКУ фрахт – винагорода (компенсація), що сплачується за договорами перевезення, найму або піднайму судна або транспортного засобу (їх частин) для:
– перевезення вантажів та пасажирів морськими або повітряними суднами;
– перевезення вантажів залізничним або автомобільним транспортом.
Відповідно до пп. 141.4.4 ПКУ сума фрахту, що сплачується резидентом нерезиденту за договорами фрахту, оподатковується за ставкою 6 відсотків у джерела виплати таких доходів за рахунок цих доходів. При цьому:
– базою для оподаткування є базова ставка такого фрахту;
– особою, уповноваженою справляти податок та вносити його до бюджету, є резидент, який виплачує такі доходи, незалежно від того, чи є він платником податку, а також суб'єктом спрощеного оподаткування.
Згідно з ч. 1 ст. 21 Конвенції між Урядом України і Урядом Естонської Республіки про уникнення подвійного оподаткування та попередження податкових ухилень стосовно податків на доход і майно, ратифікованої Україною 13.09.96 р., види доходів резидента Договірної Держави, незалежно від джерела їх виникнення, про які не йдеться у попередніх статтях цієї Конвенції, оподатковуються тільки в цій Державі.
Слід зазначити, що відповідно до вимог п. 103.2 ПКУ особа (податковий агент) має право самостійно застосувати звільнення від оподаткування або зменшену ставку податку, передбачену відповідним міжнародним договором України на час виплати доходу нерезиденту, якщо такий нерезидент є бенефіціарним (фактичним) отримувачем(власником) доходу та є резидентом країни, з якою укладено міжнародний договір України. Застосування міжнародного договору України в частині звільнення від оподаткування або застосування пониженої ставки податку дозволяється тільки за умови надання нерезидентом особі (податковому агенту) документа, який підтверджує статус податкового резидента згідно з вимогами п. 103.4 ПКУ.
Бенефіціарним (фактичним) отримувачем (власником) доходу для цілей застосування пониженої ставки податку згідно з правилами міжнародного договору України до дивідендів, процентів, роялті, винагород тощо нерезидента, отриманих із джерел в Україні, вважається особа, яка має право на отримання таких доходів. При цьому бенефіціарним (фактичним) отримувачем (власником) доходу не може бути юридична або фізична особа, навіть якщо така особа має право на отримання доходу, але є агентом, номінальним утримувачем (номінальним власником) або є тільки посередником щодо такого доходу (п. 103.3 ПКУ).
Виходячи з цього, фрахт або інші доходи підприємства – резидента Естонії (за наявності відповідної довідки) має оподатковуватися в Естонії.